主要職責             
（一）貫徹執行《中華人民共和國文物保護法》及有關法律、法規，并做好宣傳工作，增強全社會的文物保護意識。
（二）負責做好有歷史、藝術、科學價值的可移動文物的征集、收藏、保管、陳列、展示交流等工作，發揮宣傳窗口作用。
（三）承擔全市范圍內搶救性考古發掘、文物調查和不可移動文物保護任務。并建立完善的文化遺產檔案數據庫。
（四）根據上級主管部門授權，指導各縣區博物館、紀念館的業務建設。
（五）承擔市委、市政府和上級文化、文物部門交辦的其他事項。
內設機構及職責
根據上述職責，市博物館內設五個部（室）。
（一）辦公室（加掛黨辦牌子）
負責組織實施全館各項工作決策；負責文電、會務、機要、保密、文書檔案等館日常工作；負責館班子、黨支部日常事務；負責信息、宣傳、信訪維穩、安全生產、黨務政務公開、財務統計和人事勞資、文物專業技術資格評審、計劃生育、公務接待、保衛、館后勤、退休人員服務管理工作；起草與全館工作相關的各類文稿，制定各項管理規章制度，協調日常運作的重大問題；負責物資購置分配及固定資產管理和維護；負責各種行政會議、講座、報告會的策劃和保障工作；指導和協調物業公司負責開放服務工作；負責全館職員的德、能、勤、績、廉的考核工作。
（二）館藏研究部
負責文物藏品、標本的征集、保護、整理、研究、鑒定、管理和修復工作，負責文物的分類、造冊、編目、立檔（包括紙質和電子文檔）工作，負責文物出入庫登記、把關；協調、承擔文物資料的編輯等工作；負責本館文物檔案、圖書資料、文史資料的管理。
（三）講解服務部
負責本館各種陳列展覽的講解、宣傳和來賓接待、觀眾人數統計等工作；組織引導觀眾，維護參觀秩序，舉辦有關文物知識專題講座，協助負責開館期間展示文物安全與展廳清潔衛生工作。負責招募志愿者和培訓義務講解員，收集觀眾信息、評議及對觀眾進行調研。
（四）陳列設計與展場管理部
負責本館各種展覽、刊物、資料、廣告的設計制作，展場展廳日常維護管理、陳列布展及文物攝影、攝像等工作；負責流動性展覽、大型展覽開幕式、閉幕式的籌備策劃；建立與媒體、學校、旅游等部門的聯通機制并負責相關宣傳報道工作；負責館內文化商品服務項目的管理，并對相關工藝、旅游紀念品進行研制開發。
（五）安全保衛部
負責全館的安全保衛工作。建立和健全各項安全規章制度和風險防范措施，負責全館防火、防盜、防破壞、防治安事故、防自然災害等工作，加強應對突發安全事件處理能力；負責館文物庫房和監控室值班工作；加強與公安部門聯動，建立健全預警、報警、執勤機制，指導和協調物業公司負責館場的保安工作和維護秩序；負責安全治安宣傳教育和培訓、演練；負責館內監控系統和滅火器材的管理維護。

直屬機構
（一）惠州文化遺產研究所
負責惠州歷史、傳統文化及文化遺產、博物館學、考古學等方面的研究工作，收集有關信息資料（包括文字、圖片）；撰寫有關學術論文，編輯簡報，編寫文物資料，為本館的展覽、收藏、科研工作服務，協助編寫陳列展覽內容和大綱；配合省文物考古研究所、省流動博物館網絡中心等單位開展有關文物調查、考古、展覽等工作。
（二）東江民俗文物館
負責民俗館建筑及展覽的日常開放講解、安防、維護和修繕工作；負責館內文物的安全保護和管理工作；負責對古建筑、民俗文物相關資料收集、整理、研究，并開展相關臨時展覽和宣傳工作。
（三）劉侖美術館
負責劉侖美術館的展場開放和管理，負責館內字畫展示、保養、修復、裝裱、臨摹以及相關美術資料的收集、整理與研究。
掛靠社會團體
    惠州市文物收藏家協會成立于2006年12月，是經市文廣新局同意，市民政局批準掛靠在博物館的社團組織。其會長、秘書長由館內有關領導擔任。市博物館主要承擔指導和引導協會開展藏品展覽、鑒賞、聯誼、學術交流等各項活動，努力提高廣大收藏愛好者的文化素質和鑒賞水平，為弘揚、發掘、保護、研究惠州傳統文化作出應有貢獻。（聯系電話：2866961）